На сколько помню у Windows Embeded есть возможность установки драйверов устройст в систему, тогда вопрос с пробросом решается очень просто и, на сколько я помню, не требуется допонительная настройка на стороне VDI.
Про Linux сказать ничего не могу так как никгда с ним не сталкивался, да и view клиент под него пооему достаточно старый.
Если USB будет корректно пробрасыватся в VM то настройка будет заключатсяв установке нужного драйвера, но его проще сразу интегрировать в систему, то есть настройка у пользователя не понадобится.